Die Organisation der nicht gewinnorientierten Stiftung beruht auf der neugefassten Stiftungsurkunde vom 29. Januar 2014. Der Stiftungsrat ist das oberste Organ und setzt sich aus je vier Vertreterinnen respektive Vertretern der beiden Gemeinden Füllinsdorf und Frenkendorf zusammen. Er vertritt die Stiftung nach aussen und er ist für die Einhaltung des Stiftungszweckes verantwortlich.

Der Stiftungsrat wird durch die Gemeinderäte und Gemeindekommissionen der politischen Gemeinden von Füllinsdorf und Frenkendorf gewählt.